Dlhodobé užívanie melatonínu, najmä po dobu jedného roka alebo dlhšie, môže byť spojené s vyšším rizikom srdcového zlyhania. Rôzne štúdie naznačujú, že užívanie tohto doplnku môže odhaliť skryté problémy so srdcom. Výskum, ktorý zahŕňal viac ako 130 000 osôb, ukázal, že dlhodobé užívanie melatonínu môže takmer zdvojnásobiť riziko vzniku srdcovej insuficiencie. Tieto zistenia zdôrazňujú potrebu opatrnosti pri užívaní melatonínu, najmä u osôb, ktoré už majú existujúce srdcové problémy alebo iné zdravotné ťažkosti. Je dôležité, aby sa užívatelia poradili so svojím lekárom pred začatím dlhodobého užívania tohto doplnku, aby sa predišlo potenciálnym zdravotným rizikám.